Error abriendo zips almacenados en SharePoint

En esta ocasión quiero comentaros un problema que me he encontrado con los zips almacenados en listas y librerías de documentos de SharePoint.

Si se sube un fichero zip a través de la interfaz de adjuntar/cargar documentos de SharePoint, éstos se pueden abrir y descomprimir sin problema.
En cambio, si se hace la carga de documentos en SharePoint mediante la API o los Webservices (procedimiento normal para migraciones o cargas masivas) los ficheros quedan corrompidos y, dependiendo el programa que se use para abrirlos, obtendremos un resultado u otro:

• WinZip no permitirá abrirlos, mostrando un error.
• WinRar permitirá abrirlos, pero no descomprimirlos o acceder a su contenido y, si ejecutamos la verificación del fichero que ofrece WinRar, dirá que no es correcto.

Actualmente estamos estudiando este caso y os notificaremos los avances.

ACTUALIZACIÓN: Encontrada la solución al problema es cuestión, código fuente incluído.